Kerusuhan juga terjadi di Yogyakarta pada tanggal 5 Mei 1998, hampir bersamaan dengan kerusuhan yang terjadi di Medan. Kejadian ini merupakan kerusuhan pertama di Yogyakarta yang terkait dengan tuntutan Reformasi dari masyarakat dan mahasiswa yang bentrok dengan aparat keamanan. Perusakan dan pembakaran terjadi pada hari Selasa hingga malam hari.
Kerusuhan kedua di Yogyakarta terjadi pada hari Jumat tanggal 8 Mei 1998. Kerusuhan kali ini lebih besar dari kerusuhan yang terjadi hari Selasa 5 Mei 1998 dan disebabkan adanya korban meninggal dunia. Peristiwa ini berawal dari unjuk rasa mahasiswa yang dilakukan di beberapa Universitas di Yogyakarta. Mahasiswa Yogyakarta sangat aktif menyuarakan Reformasi bersama dengan mahasiswa di Medan.
Selesai sholat Jumat tanggal 8 Mei 1998, sekitar 5000 mahasiswa Universitas Gajah Mada (UGM), Yogyakarta melakukan demonstrasi di Bundaran kampus UGM selama kurang lebih 4 jam lamanya. Demonstrasi yang berlangsung dengan tertib tersebut menyampaikan pernyataan keprihatinan mahasiswa atas kondisi perekonomian saat itu yang dilanda krisis moneter, memprotes kenaikan harga-harga dan mendesak untuk dilakukannya Reformasi.
Pada saat yang bersamaan siang itu, ratusan orang juga melakukan demonstrasi di halaman kampus Universitas Sanata Dharma (USD), Yogyakarta. Menjelang sore hari mereka ingin bergerak menuju kampus UGM untuk menggabungkan diri melakukan unjuk rasa di sana. Ternyata aparat keamanan tidak mengijinkan dan berhadap-hadapan dengan mahasiswa yang bergabung dengan masyarakat. Pelaku unjuk rasa kecewa dan tidak mau membubarkan diri, sehingga terjadi bentrokan. Mahasiswa dan masyarakat melawan aparat dengan batu, petasan, bahkan bom molotov pada sore itu di sekitar Jalan Gejayan. Tempat ini menjadi ajang pertarungan antara pengunjuk rasa dengan aparat yang mencegah mereka bergabung ke UGM.
Bentrokan berlangsung hingga malam hari dan setelah bentrokan ternyata ditemukan korban meninggal yaitu Moses Gatotkaca. Ia ditemukan sekarat setelah aparat melakukan pembersihan di daerah kerusuhan sekitar hotel Radisson Yogyakarta. Visum korban dari RS Panti Rapih menyatakan korban mengalami pendarahan telinga dan mulut diduga mengalami retak dalam tulang dasar tengkorak (Sumber: Suara Pembaruan 9/5/98). Hingga dini hari terjadi kerusuhan hingga meluas ke daerah lain di Yogyakarta.